arXiv 预印本Darya Ardan论文86
用于肺腺癌生长模式空间 mapping 的视觉词袋方法
原标题:Bag-of-Visual-Words for Spatial Mapping of Lung Adenocarcinoma Growth Patterns
在整张切片图像(WSI)范围内对肺腺癌(LUAD)生长模式进行空间映射,需要在区域层面解析组织结构背景。然而,现有方法通常在单个图块层面运行,产生的是通用形态学聚类,而非临床定义的模式图谱。我们提出了一种弱监督词袋视觉词(Bag-of-Visual-Words,BoVW)流程:从一小组经过标注的感兴趣区域(ROI)中提取冻结的基础模型嵌入,并据此学习视觉词汇表。随后,将具有相同标签的 ROI 的 BoVW 直方图取均值,构建模式原型,并在 Jensen--Shannon 散度下使用最近原型分类法对滑动窗口区域进行分类。最终,将预测结果投影到 WSI 图块网格上,生成具有可解释性的空间模式图。我们在 87 名 CPTAC-LUAD 患者的数据上,使用三种基础模型编码器和多个词汇表规模,对两个具有临床意义的任务进行了评估。在肿瘤/健康组织分类任务中,采用 H-Optimus-1 的最佳配置达到了 $0.974$ 的平衡准确率,接近于使用 WSI 嵌入均值池化训练的监督式 SVM 所获得的 $0.987$。在二分类组织学分级任务中,对于所有编码器,BoVW 流程的平衡准确率均高于监督式基线,表明 ROI 层面的模式分解能够保留与分级相关的异质性,而这种异质性在全局均值池化过程中会被削弱。
为什么值得读
它把基础模型嵌入从单 tile 聚类提升到可解释的 ROI 模式地图,并以 87 名患者结果检验了空间异质性对肺腺癌分级的价值。
标签
数字病理肺腺癌弱监督BoVW空间映射基础模型WSI组织学分级